Desa Dunggala mulanya adalah salah satu nama dusun di desa Tolotio. Nama dusun ini terinspirasi dari nama jenis pohon Kayu Dunggala yang digunakan masyarakat sebagai tempat berteduh apabila keluarga mereka sedang mengerjakan kebun. Karena disekitar pohon dunggala ini banyak yang berminat berkebun, maka tempat itu kemudian dinamai dengan “ Perkebunan Dunggala” yang akhirnya tempat menjadi populer.
Kian hari penduduk dari Dusun Dunggala ini makin bertambah akibat banyak masyarakat dari kecamatan Telaga dan dari kota Gorontalo yang migrasi ke dusun ini. Hal ini dikarenakan daya tarik dari kesuburan tanah yang dimiliki oleh dusun ini.
Pada tahun 1950 dusun Dunggala berhasil memisahkan diri dari desa Tolotio dan menjadi desa yang definitif.